会宁县早在新石器时代就有人类活动。《禹贡》雍州之域，殷周为西羌所居，战国至秦属北地郡。西汉于会宁境内置祖厉县，属安定郡（祖厉音嗟赖，以祖厉河而定名），治所在今县北郭城驿镇有祖厉县故城遗址。公元前一一二年，汉武帝西巡到此。《汉书.武帝记》载；“（元鼎）五年冬十月，行幸雍，祠五畴，遂逾陇，登崆峒，西临祖厉河而还”。王莽时祖厉县改为乡礼县。东汉初，废乡礼，复为祖厉县。安帝永初五年（111年），迁县治于今会宁县会师镇南十里铺村窝铺村民小组厉河之滨，属凉州刺史部武威郡。两汉时期，会宁地居“丝绸之路”北线，用兵河西之孔道。魏晋以来，会宁之地陷于荒芜。南北朝时期，西魏废帝二年（553年），周太祖为西魏相时，置会州会宁县，治所在今靖远县东北。《元和志》载：“后周太祖为西魏相，来巡，会师于此，土人张信謦资犒军，太祖大悦，因置州以会宁为名”。

　　“周太祖置会宁县，属会州。”会宁县自西魏得名，至今已有1400多年的历史。北周属高平郡乌兰县。隋属平凉郡会宁县，后改凉川县。唐属会州会宁郡，所辖会宁、乌兰二县。宋属会州敷川县。金属会州保川县。又置西宁县，属秦州，治所在今会宁县翟家所乡张城堡村有西宁故城遗址。此地宋时称“甘泉堡”。宋宣和中（1120年）尝置刺羌城于此。贞右四年十月（1216年）西宁县升为西宁州，仍属会州。元顺帝至正七年（1347年），并县入州，属巩昌路，隶陕西行省。元顺帝至正十二年（1352年），因会宁地震严重，“诏改会州为会宁州”。

       明洪武二年（1369年）始置今之会宁县，隶陕西布政司巩昌路。会宁县名从此沿用，历经明、清两代，至今600多年历史。清隶属甘肃布政使司巩昌府。

　　中华民国2年（1913年），截府留县，会宁县改属甘肃兰山道。16年（1927年），废道后直属甘肃省政府。25年（1936年10月），中国工农红军一、二、四方面军会宁会师期间，曾建县苏维埃政府。
1949年8月12日，会宁解放，成立会宁县人民政府。设立会宁分区行政督察专员公署。9月22日，会宁分区易名定西分区，会宁为其属县。

　　新中国成立后，会宁县隶属定西地区行政公署。1985年8月1日，白银市恢复建制，会宁县改属白银市。
   会宁县在建国初期，全县共有5个区，81个乡，到1957年陆续撤并为3区、1镇、29乡。1958年全县建立10个人民公社，1961年人民公社曾一度增加到40个，1965年合并成20个人民公社和1个城关镇，1969年城关镇撤销并入城关人民公社，1973年增设王庙、侯川、太平、青江、马路、草滩、掌里、土木、新庄、塬边10个人民公社，1976年增设白塬人民公社，1979年又增设柴门人民公社，1980年恢复成立城关镇，到1983年7月撤社建乡，城关镇更名会师镇（因1936年10月中国工农红军一、二、四方面军会宁会师而得名），全县共建乡32个、镇1个。2000年8月撤销郭城驿乡，设立郭城驿镇；2001年9月撤销河畔乡、头寨子乡，设立河畔镇、头寨子镇；2005年元月撤销桃花山、王家庙、塬边、掌里、青江驿5个乡，截止2005年9月，全县共辖4个镇、24个乡。