亚历山大三世是马其顿阿吉德王朝，国王腓力二世和希腊世界西方蛮国伊庇鲁斯公主奥林匹亚丝的儿子。由于奥林匹亚的个性专横独断又神秘，而且喜欢与蛇共眠（普鲁塔克），再加上她对亚历山大的影响，她很令腓力二世厌弃。她对儿子亚历山大的影响非常大。远征期间亚历山大常常会写信给母亲叙述见闻。传说亚历山大在埃及西华沙漠阿蒙神殿亲眼看过某种奇特的事，但他又绝口不提，只愿意写信告诉他母亲一个人而已。信件后来失传了，所以亚历山大到底看到什么就成为一个谜团。因为在当时马其顿的谣言和后来阿蒙神谕的显示，当时记载普遍相信亚历山大是天神宙斯之子，如普鲁塔克传说：在亚历山大出世之前，奥林匹亚梦见雷电，腓力二世则梦见自己用狮子的封印封住了奥林匹亚的阴道。

亚历山大的马其顿的成长受荷马《伊利亚特》及其中人物阿基里斯和传说人物海格力斯影响。亚历山大小的时候，腓力二世聘请了希腊哲学家亚里士多德作他和其他马其顿贵族子弟在米埃札的导师。亚里士多德给予他完整的口才和文学训练，并且激发了他对科学、医学和哲学的兴趣。亚历山大童年早期就显示了在音乐和马术上的才华。普鲁塔克记载，前344年，12岁的亚历山大看到一匹被他人认为不能驯服的马，名字叫布西发拉斯。他只是柔和的对马说了几句话便成功地驯服了那匹马。当时腓力高兴地说：“我的儿子，找一个与你相称的王国吧。马其顿对你来说太小了。”

前340年，腓力出战拜占庭城邦的时候，16岁的亚历山大代父统治马其顿，并率领部队镇压马其顿北部起义。前338年，18岁的亚历山大在马其顿维护它在希腊城邦中领导地位的重要喀罗尼亚战役和其他将军指挥马其顿左侧，消灭了底比斯神圣团队。同年腓力成立了科林斯同盟，巩固在马其顿领导下希腊城邦之间的和平。

前337年，腓力二世与奥林匹亚离婚，随后娶了马其顿贵族阿塔鲁斯的侄女克丽欧佩特拉。当阿塔鲁斯在腓力二世与克丽欧佩特拉的婚礼酒会上评价说马其顿王室将会有一个合法的继承人时， 亚历山大回答：“那么我呢，你这卑鄙的人，你把我当成什么了……一个杂种吗？” 说完便把酒杯向他扔去。当腓力护着阿塔鲁斯站在椅子上向亚历山大抽剑时，生气的他因为醉酒站不稳而在椅子上摔倒了。亚历山大嘲笑道：“你们瞧啊！一位准备从欧洲横扫小亚细亚的国王，却连一张椅子都跳不过去。”

被腓力驱逐后，亚历山大与奥林匹亚逃亡伊庇鲁斯，自己继续前往伊利里亚，在马其顿他原安稳的继承权受到质疑。短期之后腓力派使者召回亚历山大，与他和解。前336年，腓力二世在埃格举行的女儿克丽欧佩特拉和伊庇鲁斯的亚历山大一世的婚礼，被皇家保镖保萨尼阿斯刺杀身亡。其策划没有最终的解答，奥林匹亚丝因对此公开表示喜悦，以及和凶手伊庇鲁斯有联系而被怀疑。亚历山大代表指责此事为波斯国王大流士三世所指使，后来以此为向波斯进攻的理由。此外，也有人说，每当亚历山大得知他的父亲征服了一块地，就会哭着说：“难道父亲没有留下一点儿的土地给我征服？”

20岁的亚历山大被马其顿军队中安提帕特派系推举为新国王。利用在佩拉的优势，他通过腓力二世的葬礼减少税收赢得驻在马其顿的军队。他以参与暗杀腓力二世的罪名处死埃罗普斯的两个儿子和当时被腓力派遣东征于小亚细亚的阿塔鲁斯。同有王位权的阿明塔斯以策谋亚历山大的罪名被处死。奥林匹亚丝杀了克利奥帕特拉和她的也有王位权的儿子。亚历山大使部分军队相信被腓力派遣东征于小亚细亚的阿塔鲁斯和雅典同谋起义，处死了阿塔鲁斯而完成了他的登位。同样征于小亚细亚的帕曼纽的儿子们仍然在佩拉而因此对他的女婿阿塔鲁斯的死无动于衷。

被迫与腓力结盟的希腊城邦雅典和仇恨腓力二世的底比斯把腓力二世被刺看作是重新赢得独立的机会。为了赢得希腊同盟的承认，前336年末，亚历山大带领军队进入原被腓力二世统治的特萨利，在成功打破其贵族在边境的抵制后，被承认为特萨利新的世袭统治者。亚历山大之后南下，使得底比斯投降，雅典敬他为名誉城民。

当亚历山大登位时，马其顿的国库紧缺。前335年，在科林斯重新得到除斯巴达之外同盟支持的亚历山大重征马其顿北部色雷斯，为东征小亚细亚稳固北部防线，并报复公元前338年当地特里巴利部落对腓力二世部队的偷击和战利品的盗窃。在多瑙河打败特里巴利后他进军并打败威胁马其顿西北的伊利里亚，补正了腓力二世执政时的重要失败。与此同时，雅典和当地强权底比斯，把亚历山大死于多瑙河的谣言看作新的机遇。底比斯再次起义后，亚历山大从伊利里亚不经马其顿用14天到达底比斯。他与希腊同盟国摧毁了底比斯，消除了威胁马其顿的三大希腊势力之一（其余为：雅典、斯巴达），把其国境分给盟国，并把大部分底比斯邦民售为奴隶。军事支持（但军队尚未过国界的）底比斯的阿卡狄亚随之处死其国领袖，未军事支持底比斯而已被港口封锁的雅典随后放弃抵抗。

希腊与波斯的敌对始于前6世纪，当时位于小亚细亚的自由希腊城邦沦陷于向西扩张的波斯王国。在爱奥尼亚叛乱和马拉松战役后。前481年波斯国王泽克西斯一世在第二次波斯战争时试图占领整希腊。虽然泽克西斯一世被打回，波斯之后也再没有进攻希腊，而泽克西斯一世前480年火烧雅典卫城及其他被认为渎神的行为使得亚历山大时的希腊政界仍存在着报仇和反攻波斯的声音，这也被腓力二世和亚历山大所利用。

以父亲包括“解放小亚细亚希腊城邦”的口号，前334年亚历山大出征小亚细亚，奥林匹亚留在佩拉执政，安提帕特也留守在马其顿，以约12000步兵和1500骑兵维持对欧洲的势力。亚历山大自己带着由马其顿和其他希腊城邦组成的约30000～40000步兵和4000～5000骑兵越过了希里帕。虽然他的出征弥补了腓力二世遗留给他的债务，一个空了的国库使他只带了30天的补给。在小亚细亚亚历山大和小部分部队首先访问了特洛伊，他和他从童年来的亲友海菲斯提恩分别祭阿基里斯和《伊利亚特》中阿基里斯的亲友帕特洛克罗斯。随后亚历山大与帕曼纽带领的其余部队会合，继续向波斯地方总督的要塞。

波斯的希腊雇佣军统帅，罗德岛的门农建议焚烧周边的田地，但由于波斯地方总督怜惜他们的财产，未被采纳。而他们聚集部队，在格拉尼库斯河与亚历山大正面交战。亚历山大在格拉尼库斯战役中自己率领着“伙伴骑兵”队，领先与波斯骑兵交战，波斯部队多个地方总督和将军被“伙伴骑兵”队杀死。在交战中亚历山大受伤并被克利图斯相救。为恐吓未来的希腊雇佣兵，亚历山大让部队于战场上屠杀大部分希腊雇佣兵，其余被押回马其顿强迫劳动。他将300领波斯铠甲作为给雅典娜的祭品送回雅典卫城，带着如下题字：“来自亚历山大，腓力之子，和希腊人，除了斯巴达的奉献，从居住在亚细亚的野蛮人夺取。”

但格拉尼库斯战役后亚历山大没有“解放”非希腊爱奥尼亚城邦。他下令部队禁止抢劫，并效仿波斯王国任命自己的地方总督，把战胜的城邦并吞入马其顿。与波斯部队相比则是敌众我寡。尽管存在许多不利，亚历山大仍对波斯军队致以一系列毁灭性的打击，取得了胜利。他的成功有三个主要原因。第一，腓力二世留给他的军队比波斯军队训练有素。第二，亚历山大是一位杰出天才将领，也许是举世无双的最伟大的将领。第三，亚历山大本人具有英勇无畏的精神。虽然每场战斗初期亚历山大是在后方坐阵指挥，但他的方针是如果部队发动决定性进攻，他则身先士卒。这种冒险的战术使他屡次受伤，但士兵们看到他与他们生死与共，并不要求他们去冒那些他自己不愿冒的危险，这对鼓舞他们的士气影响巨大。

亚历山大首先率领部队攻克了小亚细亚，消灭了驻守在那里为数不多的波斯部队；随后向叙利亚北部挺进，在伊苏斯战役击败了一支庞大的波斯部队。接着亚历山大又向南进军，经过七个月的艰难围攻，攻克了腓尼基岛市泰尔（位于现在的黎巴嫩）。在泰尔围城战期间，亚历山大收到波斯国王的一封书笺，提出为了达成和平协议，他愿把半个波斯帝国割让给亚历山大。亚历山大的将军帕曼纽认为这个建议很好，他说：“如果我是亚历山大，我就采纳这个建议”。亚历山大回答：“如果我是帕曼纽，我也许会采纳这个建议。”

攻克推罗之后，亚历山大继续南进。经过两个月的围攻，埃及一箭未发，自动投降。接着亚历山大在埃及停留一段时间，让军队稍有喘息之机。在那里年仅24岁的亚历山大被誉为法老，称之为神。随后他率军返回亚洲，公元前331年在具有决定性意义的高加米拉战役中，击败了一支极为庞大的波斯军队。

取得高加美拉战役胜利之后，亚历山大率军进入巴比伦和两座波斯都城，苏萨和波斯波利斯。为了防止波斯国王大流士三世（并非大流士大帝）向亚历山大投降，巴克特里亚行政长官贝苏斯与军官们把他们的国王暗杀了。

时年为公元前330年，亚历山大击败了谋杀大流士三世的主谋贝苏斯，并割其鼻、耳后斩首，经过三年奋战，攻克了整个伊朗东部地区，并继续向中亚推进。

这时亚历山大已经征服了整个波斯帝国，本可以返回家园，重新筹划他的新领土。但是他征服的欲望并没有得到满足，而是继续挥军进入阿富汗，又从阿富汗穿过兴都库什山脉进入印度。他在印度西部取得一系列胜利后企图继续向印度东部进军，但是他的军队由于常年战争，已经精疲力竭，不肯东进，亚历山大不得不返回波斯。

亚历山大手下的军队已经厌战，亚历山大不得不开始西归，途中他还派人进行了一系列探险活动，包括查明印度河入海口，寻找波斯湾，并绘制海岸地图，还想查清里海究竟是海还是湖亚历山大公元前323年死于巴比伦。历史以来其死因有不断的争议。大多数记载亚历山大在巴比伦的一次痛饮后，得了疟疾。有理论认为他死于嚏根草中毒。美国疾病控制和预防中心出版的2004年7月号《新型传染疾病》杂志里刊登了几篇论文，讨论了“亚历山大死于西尼罗河病毒”说法。同时，也有人指出，亚历山大是感染流感而死。

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